三代测序快速组装方法研究及人DNA-m6A甲基化图谱解析

奥门巴黎人:系统管理员发布时间:2017-09-27浏览次数:1827

  题 目:三代测序快速组装方法研究及人DNA-m6A甲基化图谱解析

  报告人:肖传乐 副研究员

      中山大学中山眼科中心,中国眼科学国家重点实验室

  时 间:2017年9月28日(周四)上午 9:30

  地 点:至诚楼G205报告厅

  主办单位:基础医学院生物信息学系/公共卫生学院流行病学系

  报告摘要:

  三代测序技术具有读长长(14k bp)和无PCR扩增偏好性等特点,已成为二代测序技术的有力补充或替代,尤其在动植物的基因组de novo组装和DNA m6A修饰检测研究中具有巨大的优势,基于三代测序的研究成果也常发表在CNS等高水平杂志上。但目前三代测序数据高测序错误率(12-15%)问题使得三代测序数据分析仍面临着巨大挑战。在基因组组装方面,大家提出了基于全局种子投票打分的候选匹配序列评估方法,该方法可以大幅降低三代测序序列比对,校正和组装的计算资源消耗,从而大幅提高计算效率;并将上述方法开发了三代测序组装系统MECAT。MECAT在人数据集的组装速度是同类App(Canu和FALCON)17-23倍,并首次在个人电脑上实现了中国人的基因组组装工作,该研究成果已于今年9月18发表在Nature Methods杂志上。并且大家利用MECAT与多个科研团队合作,已成功组装稗草、牛油果、罗汉果、檀香等10余个中国特色植物基因组。在DNA-m6A甲基化检测中,大家通过自行改进的SMRT DNA修饰检测并行计算方法,首次获得了中国人DNA-m6A修饰全谱,并详细分析了该甲基化图谱的特征以及在基因组转录中的调控作用,首次发现和实验验证了DNA-m6A的添甲基化酶和去甲基化酶,通过实验证实DNA-m6A与癌症发生紧密相关。

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